این معاونت همزمان با افتتاح دانشکده پزشکی در روز 27 آذرماه 1325 در خانه محقری واقع در خیابان احمد آباد شروع به کار نمود در آن زمان آموزشگاه عالی بهداری در این خانه افتتاح شد و دانشجویان پس از 4 سال تحصیل موفق به اخذ درجه بهدار می شدند . سپس آموزشگاه به دبیرستان سعدی منتقل شد و از آزمایشگاههای دبیرستان استفاده می شد. از سال 1329 دوره پزشکی عمومی به صورت 6 سال ارائه شد و در سال 1341 ساختمانهای دانشکده به مکان فعلی منتقل شد . به علت تفکیک دو وزارت فرهنگ و آموزش عالی و وزارت بهداشت در سال 1365 این معاونت به شکل فعلی خدمات مورد نظر را ارائه می دهد.
شرح وظایف واحد علوم پایه:
_کلیه امو ر آموزشی مربوط به دانشجویان پزشکی در مرحله علوم پایه و ICM
_ برنامه ریزی دروس و کلاسهادر هر سال تحصیلی
_ انتخاب واحد دانشجویان مهمان،حذف و اضافه،حذف اضطراری و بررسی و نظارت برترمیم انتخاب واحد در سامانه سما
_تطبیق واحد دروس برای دانشجویان انتقالی
_تسویه از مرحله علوم پایه و ICM
_پاسخ به نامه های اداری و درخواست دانشجویان
_مشاوره و راهنمائی
_صدور گواهی اشتغال به تحصیل
_سایر امور ارجاعی
_پاسخگویی حضوری و تلفنی به مراجعین
شرح وظایف واحد ICM
_کلیه امـور آمـوزشـی مـربـوط بـه دانشجـویان ICM در طـول دوره یک سـالـه ICM
_کارشناسی در خصوص تنظیم انتخاب واحد،حذف و اضافه،حذف اضطراری و موارد مذکور
_راهنمایی و مشاوره دانشجویان ICM در خصوص وضعیت تحصیلی و سنوات تحصیلی آنها
_صدور گواهی جهت اعضاء محترم هیئت علمی در خصوص سنوات تـدریس جهت ارائـه به کمیته ارتقاء
_دریافت نامه های اداری و درخواست های دانشجویی ارجاع شده و کارشناسی آنها و اقدام لازم در موارد مذکور
_کمک در برنـامه ریـزی درسی و تنظیم برنـامه دروس تئوری و عملی در هـر نیمسال جهت اساتید و دانشجویان و ارسال آنها و هماهنگی با اساتید جهت شرکت در کلاسهای تئوری و عملی در طول ترم
_دریافت سـؤالات امتحانـی و برگـزاری امتحانـات ICM در پایان هر کورس در هر ترم
_برگزاری امتحـان عملی معـاینه فیزیکی در مرکـز مهـارتهای بالینی در هـر نیمسال
_کلیه امور اداری مربوط به دوره مقدمات پزشکی بالینی ICM
_دریافت نمـرات امتحانی دانشجویـان و ارسال بـرای اساتید هر درس جهت ثبت نهایی نمرات
_گروه بندی دانشجویان جهت کلاسهای عملی و هماهنگی با اساتید و رزیدنتهای همکار با ICM
شرح وظایف واحد کارآموزی:
_برنامه ریزی درسی و تنظیم بخشهای بالینی
_تنظیم انتخاب واحد،حذف و اضافه،حذف اضطراری و کارشناسی در خصوص موارد مذکور
_تسویـه از مـرحله کارآموزی و معـرفی کارآمـوزان جهت شرکت در امتحان پیش کارورزی
_راهنمایـی و مشـاوره کـارآمـوزان در خصـوص وضعیـت تحصیـلی و سنـوات تحصیـلی
_صدور گواهی اشتغال به تحصیل
_دریافت نامه های اداری و درخواست های دانشجویی ارجاع شده و کارشناسی آنها و اقدام لازم در موارد مذکور
_شرکت در جلسات مربوط به امور کارآموزان بالینی
شرح وظایف واحد کارورزی:
_کارشناسی درخواستهای کارورزان رشته پزشکی و اقدام مطابق آئین نامه آموزش و حسب دستور مسئول محترم
_بررسی لیست کارورزان جهت معرفی به بخشهای کارورزی و هماهنگی با کارورزان مربوطه و بخشها
_برنامه ریزی و ثبت نام آزمون مهارتهای بالینی
_راهنمایی و مشاوره کارورزان در خصوص وضعیت تحصیلی،سنوات تحصیلی و فارغ التحصیلی
_انجام مراحل اداری فراغت از تحصیل دانشجویان رشته پزشکی
_برنامه ریزی برای کارورزان مهمان از دانشگاه آزاد اسلامی طبق مفاد توافقنامه مربوطه
_نیاز سنجی و برنامه ریزی دوره های کارورزی در سالهای آتی