حوزه آموزش تخصصی دانشکده پزشکی اصفهان در سال 1346 با پذیرش یک دستیار در رشته بیهوشی آغاز به کار کرد. در فاصله سال های 1347 تا 1357 تربیت دستیار به تدریج در رشته های مختلف بالینی شامل بیهوشی، جراحی عمومی، کودکان، بیماریهای داخلی، رادیولوژی، چشم پزشکی، گوش، گلو، بینی و جراحی سر و گردن، جراحی کلیه و مجاری ادراری، ارتوپدی، جراحی مغز و اعصاب و زنان و زایمان گسترش یافت به طوری که تا سال 1357، 27 نفر در این رشته ها فارغ التحصیل و 30 نفر مشغول به تحصیل بوده اند پس از این سال و با حاکمیت سیاست های جدید مبتنی بر گسترش آموزش عالی در کشور فعالیت این حوزه وسیع تر و نظام مند تر شد که در حال حاضر به عنوان یکی از معاونت های اصلی حوزه ریاست دانشکده پزشکی با نام «معاونت آموزش تخصصی و فوق تخصصی» فعالیت می نماید و در 21 رشته تخصصی شامل ارتوپدی، بیماریهای قلب و عروق، بیماریهای داخلی، بیماریهای مغز و اعصاب، بیهوشی، جراحی عمومی، رادیولوژی، زنان و زایمان، کودکان، جراحی کلیه و مجاری ادراری، پوست، آسیب شناسی، جراحی مغز و اعصاب، چشم پزشکی، روانپزشکی، پرتو درمانی، بیماریهای عفونی و گرمسیری، گوش، گلو، بینی و جراحی سرو گردن، پزشکی اجتماعی، طب فیزیکی و توانبخشی، طب اورژانس و 15 رشته فوق تخصصی شامل جراحی پلاستیک، ترمیمی و سوختگی، بیماریهای قلب و عروق، خون و سرطان بالغین، بیماریهای قلب اطفال، غدد درون ریز و متابولیسم کودکان، طب نوزادی و پیرامون تولد، روماتولوژی، جراحی قلب و عروق، جراحی کودکان، غدد درون ریز و متابولیسم بالغین، نفرولوژی، گوارش و کبد بالغین، ICU، روانپزشکی اطفال، جراحی قفسه صدری و 8 رشته فلوشیپ شامل اینترونشنال کاردیولوژی، قرنیه، ویتره و رتین، ستون فقرات (Spine)، جراحی درون بین، سم شناسی بالینی، بیهوشی در جراحی اعصاب و سوختگی دستیار می پذیرد.
در سال تحصیلی 97-1396تعداد دستیاران مشغول تحصیل در این رشته ها 880 نفر است .
تعداد کارمندان شاغل در این معاونت در حال حاضر 7 نفر است که از این تعداد 1 نفر کارشناس مسئول، 1 نفر کارشناس، 3 نفر کمک کارشناس، 1 نفر تایپیست و 1 نفر بایگان هستند.
شرح وظایف معاونت تخصصی و فوق تخصصی دانشکده پزشکی
* جمع آوري، بررسی و اعلام ظرفيت پذيرش سالیانه دستيار هر گروه جهت آزمون پذیرش دستیارتخصصی ،فوق تخصصی و فلوشیپ
* برگزاري آزمون پذيرش دستيار و پیگیری امور مرتبط با آن
* ثبت نام و تشكيل پرونده پذيرفته شدگان آزمون پذيرش دستيار و پیگیری امور مرتبط با آن
* ايجاد هماهنگي جهت انجام مراحل مربوط به حوزه نظام پزشكي و اداره صدور پروانه
*معرفي پذيرفته شدگان دستياري به گروه های مربوطه و تهيه و توزيع كارت شناسایی و پیگیری امور مرتبط با آن
* معرفي پذيرفته شدگان و اعلام ليست مشخصات نامبردگان به گزينش
*مکاتبه با محل اخذ مدرک دکترای عمومی دستیاران جهت ارسال تأئیدیه تحصیلی دوره عمومی آنان به این معاونت
*برنامه ریزی و برگزاری کارگاه های توجیهی ورودی دستیاری و ارائه دفترچه چكيده قوانين و مقررات دستياري به آنان
*مکاتبه با مرکز آمار و خدمات ماشینی در خصوص دستیاران جدیدالورود و ارسال فرم اطلاعات عمومی آنان به آن مرکز
*انجام امور مربوط به نظام وظیفه دستیاران آقا
*پیگیری امور دستیاران شاغل
*صدور گواهي ابلاغ دستياري جهت دستياران مستقيم
*هماهنگي با مدیران محترم برنامه دستياري گروه ها براي برگزاري امتحانات درون گروهی
*برگزاری جلسات توجیهی با مدیران محترم برنامه دستیاری و نظارت براجرای روشهای نوین ارزشیابی توسط گروههای آموزشی و فراهم ساختن زیرساخت های لازم سخت افزاری و نرم افزاری
*ارائه جديدترين سر فصل هاي امتحانات ارتقا ودانشنامه تخصصي به كتابخانه های ذیربط جهت تهيه آنها
*جمع آوري٬ بررسي و نظارت بر نمرات درون بخشي
*بررسی پرونده های دستیاران جهت شرکت در آزمون ارتقا و گواهینامه تخصصی
*ایجاد هماهنگی های لازم جهت طراحی سؤالات ارتقا و گواهینامه تخصصی توسط اعضا محترم هیأت علمی
*برگزاری آزمون ارتقا و گواهینامه تخصصی و امور مرتبط با آن
*اعلام نمره نهائي آزمون ارتقا دستياران به گروهها و دستياران و نهايتاً به وزارت بهداشت و آموزش پزشكي و تخصصي
*تکمیل و ارسال چک لیست اعتبار بخشی آزمون ارتقا و گواهینامه تخصصی
* برگزاری جلسات منظم با دستیاران ارشد گروههای آموزشی بعنوان شورای نمایندگان دستیاران
*برگزاری جلسات سالیانه با دستیاران هر گروه
* پي گيري جهت اجراي كوريكولوم آموزشي مصوب هر رشته درگروه ها و بررسی مشکلات موجود در فرآیندهای آموزش تخصصی و ارائه راهکارهای مقتضی
* نظارت بر حسن اجراي log book آموزشي دستیاران در گروههایی که log book دارند و تدوین log book آموزشی در سایر گروهها با همکاری خود گروه ها و ارسال log book در پایان دوره به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
* نظارت بر عملکرد و کشیک دستیاران در بیمارستان های آموزشی
* ارائه طرحی نو برای درگیر نمودن بیشتر دستیاران سال بالاتر در کشیک های شبانه و ایام تعطیل با هماهنگی با وزارت متبوع
* تهيه آمارهاي مختلف سالیانه و ارائه گزارش عملکرد به رئیس دانشکده
ارسال بخشنامه ها و آيين نامه ها به گروههاي آموزشي و نظارت بر حسن اجرای آنها
* معرفی دستیاران ارشد گروهها به امور مالی جهت پرداخت حق ارشدیت آنها
* معرفي دستياران سال آخر گروهها به معاونت درمان جهت گذراندن طرح يك ماهه
* شركت در جلسات مرتبط در دانشکده، دانشگاه یا وزارت متبوع
* برگزاري جلسات شوراي مدیران محترم برنامه دستیاری گروه هاي آموزشی دانشكده
* بررسي و تدوين آيين نامه هاي آموزشي دستياران دانشكده و پيشنهاد اصلاح آيين نامه هاي مركزي موجود
* بستر سازي، حمايت و هماهنگي فعاليت هاي آموزشي دستياران محترم
* راه اندازی و به روز رساني سايت اينترنتي معاونت تخصصي دانشكده
* تبین اهمیت پایبندی به اخلاق حرفه ای توسط دستیاران با توجه به سیاست های وزرات متبوع در این خصوص و رسيدگي به درخواست ها،شكايات و نواقص احتمالي در عملکرد دستیاران و تقدير و تشكر از دستياران متعهد
* قدردانی از دستیاران برتر در آزمون های دانشگاهی و ملی در جلسات گردهمایی سالیانه دستیاران و معرفی آنان به معاونت دانشجویی دانشگاه جهت قدردانی از آنان
* نظارت بر حسن اجراي انجام امور در حوزه معاونت تخصصي دانشكده
* ارزشيابي فعاليت كارشناسان حوزه معاونت تخصصي
* هماهنگي جهت بازدید هیئت بورد از گروههای آموزشی
* هماهنگي با معاونت پژوهشی دانشکده پزشکی در خصوص انتخاب به موقع موضوع پایان نامه و دفاع از آن توسط دستیاران
* انجام امور مربوط به نقل و انتقالات و میهمانی دستیاران
* ارسال پرونده دستیاران انتقالی به دانشگاه های مقصد و بستن پرونده آنان در سیستم سما
*صدور احکام دستیاران مقاطع تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ
*تنظیم لیست پرداخت کارانه دستیاران در مقاطع تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ
* انجام امور مربوط به راه اندازی رشته های جدید در مقاطع تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ
* انجام امور فارغ التحصيلي و تسويه حساب و بستن پرونده در كامپيوتر و اعلام فراغت از تحصيل به اداره كل آموزش و امور مرتبط با آن
* بررسی و تکمیل پرونده های راکد و ارسال به اداره فارغ التحصیل
* انجام سایر مکاتبات