سیستم های اطلاع رسانی پزشکی کارشناسی ارشد ژنتیک پزشکی گروه ژنتیک

تاریخ ایجاد شنبه,1396/08/13-10:43
Printer-friendly versionSend by emailPDF version

طرح دوره نظری و عملی یا course plan

 

سال تحصیلی: 97-96

نیمسال:         اول            

رشته: کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی

دوره:

گروه آموزشی:

نام درس: اطلاع رسانی پزشکی

نام مسوول درس (واحد): دکتر  یوسف قیصری

شماره درس  :616500

روز و ساعت برگزاری: دوشنبه 12-8

محل برگزاری: سایت مرکز کامپیوتر

تعداد و نوع واحد: 1      نظری  0.5        عملی0.5

دروس پیش نیاز:

تلفن:37929193

ساعت و روزهای تماس:

آدرس Email:ygheisari@med.mui.ac.ir

آدرس دفتر : دانشکده پزشکی - گروه ژنتیک و بیولوژی مولکولی

تعداد دانشجو:                                                                            

نام نماینده دانشجویان و شماره همراه:

هدف کلی درس:

  • آشنایی با مفاهیم و ابزارهای پایه در بیوانفورماتیک
  • آشنایی با روش­های استفاده از ابزارهای کامپیوتری در مطالعات مرتبط با علوم زیست­پزشکی

اهداف اختصاصی:

 

انتظار می­رود دانشجو در پایان این دوره:

  • جایگاه بیوانفورماتیک را در ارتباط با تحولات سال­های اخیر دانش زیست­پزشکی بداند.
  • بتواند مقالات و اختراعات ثبت شده مورد نیاز را از داده­پایگاه­های مرتبط استخراج نماید.
  • بتواند از متون علمی استنتاج مناسب داشته باشد و جمع بندی خود را به شیوایی و با ارجاع صحیح به منابع بنویسد.
  • بتواند توالی مورد نیاز ملکولهای اسیدنوکلئیک یا پروتئین را استخراج نماید.
  • از داده­پایگاه­های مرتبط با ساختار و توصیف ژنوم بتواند استفاده کند و محل یک ژن یا توالی خاص در ژنوم را مشخص کند و ویژگی­های آن را بیان کند.
  • بتواند از داده­پایگاه­های مرتبط با تنوع در توالی استفاده نماید و مفاهیم پایه GWAS را بداند
  • بتواند در یک پروتئین دومین­ها را مشخص کند، پروتئین­های دیگری که دارای آن دومین هستند را تعیین کند و مشخص کند که پروتئین مورد نظر عضو کدام خانواده پروتئینی است.
  • فایل pdb حاوی اطلاعات ساختار سه بعدی یک پروتئین مورد نظر را استخراج کند و این ساختار را با ابزارهای مناسب نشان دهد.
  • بتواند توالی­های اسید نوکلئیک و پروتئین را مقایسه و همتایابی کند.
  • بتواند با استفاده از Allele ID، Primer3 و Generunner پرایمر مناسب طراحی کند.
  • بتواند از ابزارهای بیوانفورماتیک مرتبط با کلون سازی ژن استفاده کند.
  • بتواند از نرم افزار Excel برای پردازش داده های زیست پزشکی استفاده کند.
  • با نرم افزار R به صورت اجمالی آشنا شود و بتواند از یک package مرتبط با علوم زیستی استفاده کند.
  • با سیستم عامل لینوکس به صورت اجمالی آشنا شود و بتواند از آن برای ذخیره و پردازش داده های زیست پزشکی کند.

 

 

منابع اصلی درس (عنوان کتاب، نام نويسنده، سال و محل انتشار، نام ناشر، شماره فصول يا صفحات مورد نظر در اين درس- در صورتی که مطالعه همه کتاب يا همه مجلدات آن به عنوان منبع ضروری نباشد) 

 

 

 

منابع فرعی درس:

 

 

نحوه ارزشيابی دانشجو و بارم مربوط به هر ارزشيابی

الف) در طول دوره (کوئيز، تکاليف، امتحان ميان ترم...)                                                                              بارم:

ب) پايان دوره:                                                                                                                                             بارم:

وظایف دانشجو:

 

 

سياست مسوول دوره در مورد برخورد با غيبت و تاخير دانشجو یا هرگونه نقض قوانین در کلاس درس:

 

 

تاريخ امتحان ميان ترم:                                                                        تاريخ امتحان پايان ترم:

ساير تذکرهای مهم برای دانشجويان:

 

بخش

مبحث

مدرس

جلسه

درآمدی بر بیوانفورماتیک

فلسفه علم زیست شناسی،

چارچوب­های طراحی مطالعه در پژوهش­های زیست پزشکی

 

1

جایگاه بیوانفورماتیک در زیست شناسی نوین

 

2

ابزارها و داده پایگاه­های متن

جستجوی مقالات (PubMed, Web of Science)

 

3

منابع جستجوی ثبت اختراع

 

4

تدوین منابع مقاله (Zotero)

 

5

داده­پایگاه­ها و ابزارهای توالی

پلی مورفیسم و بررسی بیوانفورماتیکی آن

 

6

توالی اسید نوکلئیک

(GeneBank, UniGene, Gene, EST)

 

7

ساختار و توصیف ژنوم

(dbSNP, UCSC Genome Browser, Ensemble Genome Browser)

 

8

مفاهیم پایه در GWAS

 

9

پروژه A1 و A2

 

10

توالی و ساختار پروتئین

(UniProt, NCBI Protein, ExPASY, InterPro, Pfam, PDB)

 

11

مفاهیم و ابزارهای همتایابی، Local Alignment (BLAST)

Multiple Alignmnt (Clustal, Mega, Homologene)

 

12

پروژه A4 و A3

 

13

ابزارهای پایه در بیوانفورماتیک-1

نرم‌افزارهای ویرایش‌گر متن

 

14

نرم افزار اکسل و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-1

 

15

نرم افزار اکسل و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-2

 

16

نرم افزار اکسل و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-3

 

17

پروژه B1

 

18

طراحی پرایمر و ابزارهای مهندسی ژنتیک

طراحی پرایمر با GeneRunner

 

19

طراحی پرایمر با Primer 3, Allele ID

 

20

ابزارهای کلونینگ ژن

(Clone Manager, Plasm, GeneRunner)

 

21

پروژه B1, B2

 

22

پروژه B3, B4,B5

 

23

ابزارهای پایه در بیوانفورماتیک-2

نرم افزار R و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-1

 

24

نرم افزار R و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-2

 

25

پروژه C1

 

26

لینوکس و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-1

 

27

لینوکس و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-2

 

28

لینوکس و کاربرد آن در بیوانفورماتیک-3

 

29

پروژهC2, C3

 

30

 

 

ID-email(med.mui.ac.ir)

PASSWORD

ارتباط با ما
خیابان هزار جریب دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی اصفهان ،دانشکده پزشکی
فکس:36688597
کدپستی:81746-73461
پست الکترونیک:dean@med.mui.ac.ir